Die Serie geht los, als Naruto 2 1/2 Jahre später mit Jiraiya nach Konohagakure zurückkehrt. Naruto und die anderen sind in dieser Zeit ziemlich gewachsen und haben auch neue Techniken gelernt. Alle alten Freunde sind zu Beginn, wie Naruto feststellen muss, vom Genin zum Chunin befördert worden. Nur Shikamaru, Kankuro, Temari und Neji sind Jonin und Gaara ist sogar Kazekage geworden. Dies ärgert Naruto, da er 2 1/2 Jahre nicht da war und an keiner Chunin Prüfung teilgenommen hat und somit selbst nämlich immer noch Genin geblieben ist